شناسایی همریخت RNA های بیان شده در ماهیچۀ اسکلتی مرغ بومی و تجاری با روش توالی‌یابی
نویسندگان
چکیده مقاله:
این آزمایش به‌منظور بررسی و شناسایی همریخت (ایزوفرم)های RNA مرتبط با ساختار پروتئین‌های ماهیچه‌ای بین مرغ بومی اصفهان و جوجۀ تجاری راس با سرعت رشدهای متفاوت، انجام شد. بدین منظور و پس از استخراج کل RNA از نمونه‌های ماهیچۀ سینۀ مرغان یادشده در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش‌ها به ژنگان (ژنوم) مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و برای اسمبلی ترانسکریپت‌ها و شناسایی بیان ژن‌های با تفاوت معنی‌دار از بستۀ Cufflinks استفاده شد. مقایسۀ آماری همریخت‌های توالی‌یابی‌شده بین دو گروه، 259 همریخت (161 همریخت در جوجۀ تجاری و 98 همریخت در مرغ بومی) با تفاوت بیان معنی‌دار را مشخص کرد. در بین همریخت‌های جوجۀ تجاری، 4 ژن ACTC1، ATF3، CYR61 و FABP4 هر یک با دو همریخت مختلف افزایش بیان داشتند. در جوجۀ تجاری فراوانی همریخت‌های مرتبط به ماهیچۀ کالبدی (اسکلتی) با انقباضات آهسته بیشتر از همریخت‌های ماهیچۀ اسکلتی با انقباض سریع بود. بررسی عملکردی نشان داد، همریخت‌ها در جوجۀ تجاری در ارتباط با افزونش و تمایز یاخته‌ای، پررشدی (هایپرتروفی) و ساخت پروتئین‌های ساختمانی ماهیچه‌ای بوده درحالی‌که در مرغ بومی مرتبط به فرآیندهای ایمنی، حاملان یون‌ها و فلزها، نوار (باند) شونده‌های به فلزها، DNA و RNA، و عامل‌های شرکت‌کننده در شکست پروتئین‌های ماهیچه‌ای بودند. نتایج این بررسی نشان داد، چنین تغییرهایی به‌احتمال توانسته با کاهش دادن سطح نیازهای مرغ بومی و افزایش توان ایمنی و سازگاری، امکان تداوم و چیره شدن بر شرایط سخت محیطی و غذایی را در طول دورۀ تکاملی این مرغ تقویت کند.
منابع مشابه
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملشناسایی و تعیین توالی 7 ژن RNA ناقل میتوکندریایی در مرغ بومی خراسان
هدف این پژوهش بررسی و تعیین توالی نوکلئوتیدی 7 ژن tRNA در ژنوم میتوکندری مرغ بومی خراسان و شناسایی جهش‌های احتمالی در آن بود. بدین منظور پس از نمونه گیری و استخراج DNA از خون، این بخش از ژنوم با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و در پلاسمید pTG19-T در سویه <...
متن کاملشناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهم‌بندی رونوشتها از بسته نرمافزاری Stringtie استفاده شد. در مجم...
متن کاملشناسایی RNA های غیرکدکننده کوتاه عملکردی با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی در گوسفند و بز
MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that have functional roles in post-transcriptional modification. They regulate gene expression by an RNA interfering pathway through cleavage or inhibition of the translation of target mRNA. Numerous miRNAs have been described for their important functions in developmental processes in numerous animals, but there is limited information about sheep an...
متن کاملشناسایی چندشکلی گیرندهی یک ژن دوپامین در مرغ بومی خوزستان با استفاده از روش PCR-RFLP
این پژوهش به منظور بررسی چندشکلی گیرندهی یک ژن دوپامین با استفاده از روش PCR-RFLP در مرغ بومی خوزستان انجام شد. به طور تصادفی از 100 قطعه مرغ بومی خوزستان خون گیری شد وDNA نمونهها با استفاده از روش نمکی استخراج شد. واکنش زنجیرهای پلیمراز برای تکثیر قطعه 283 جفت باز(گیرندهی یک) ژن دوپامین به کمک آغازگرهای اختصاصی انجام و قطعه تکثیر شده به وسیله آنزیم برشیCfrI هضم شد. فراوانی آللهای G و A...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 49 شماره 2
صفحات 179- 191
تاریخ انتشار 2018-08-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023